Seis años después y con Miguel Ángel Lotina de entrenador, se logra la cuarta Copa del Rey en el Estadio Santiago Bernabéu de Madrid en una final disputada contra el Real Zaragoza (4-1). A nivel europeo, el club participa tres veces, dos de ellas consecutivas, en la Copa de la UEFA, las temporadas 2000/01, 2005/06 y 2006/07. En esta última se llega a la final, que se disputa ante el Sevilla FC en Hampden Park, equipacion atletico de madrid 2023 y que finalmente se pierde en la tanda de penaltis.