Para el Clausura 2004 cambiaron las cosas, pues Francisco recuperó el nivel que había mostrado con anterioridad y fue fundamental para que el equipo alcanzara la final del torneo, camiseta fc barcelona perdiendo ante Universidad Nacional en penales. Una milagrosa reacción en los tres últimos partidos, que ganó 1-3 en San Mamés, 0-1 en Mestalla…